Este aviso aparece quando existe uma divergência de informações entre o CT-e que está sendo digitado e o Orçamento criado. Normalmente, algo está preenchido errado. 
Como o próprio alerta diz, deve-se confrontar os endereços de remetente e destinatário do CTe com o do Orçamento para ver se estão iguais, caso sim, verificar os preenchimentos relacionados ao frete. 

Em 90% dos casos, o problema está nos endereços. 

Caso o problema continue persistindo mesmo com as informações validadas, você pode neste primeira tela do CT-e, remover o número de Orçamento e clicar em Confirmar. Ao passar para a segunda tela do Conhecimento, ele vai buscar o Orçamento automaticamente, você o seleciona e ele inclui normalmente. 

Se nenhuma das soluções acima funcionar, acione a equipe de T.I para auxílio.