Primeiro passo, é consultar o CNPJ do tomador do frete na Receita Federal e averiguar se o mesmo dentro de suas atividades principais ou secundárias possui "transporte de mercadoria" ou sua atividade dá-se a entender que também é feito o transporte. Ao fazer a busca pelo CNPJ, ele vai te retornar um documento emitido pela República Federativa do Brasil, você vai procurar pelos itens "Código e Descrição da Atividade Econômica Principal" e a "Secundária"
Em alguns casos, está explícito: "Transporte rodoviário de mercadorias/cargas [...]" em outros pode estar como "Comércio varejista de móveis" ou "Serviços de montagem de móveis", logo da-se a entender, que uma empresa que faz a montagem dos móveis, também os transporta correto? Talvez não necessariamente, mas para o SEFAZ isso significa que SIM.

Caso o CNPJ não tenha nada a ver com transporte de mercadorias e está dando este erro, você pode acionar o T.I via chamado informando o código de erro e o número do CTe para avaliação.
Caso o seu caso bata com as descrições acima, duas soluções são possíveis:

1° SOLUÇÃO: O CNPJ que foi apontado como possível "transportadora" deve possuir um CTe da mercadoria transportada e durante a emissão, lá embaixo na sessão de logística você vai inserir as informações do CTe e depois trocar o Tipo de Distribuição para Redespacho.
2° SOLUÇÃO: No segundo caso, o cliente não possui CTe e nem irá emitir. Logo, o que deve ser feito: Você vai alterar o tomador do CTe para o Remetente ou Destinatário e emitir desta forma.
Depois ligará na Cobrança solicitando a Reversão do Frete para o CNPJ correto. É importante mencionar para o cliente que no CTe, ele não virá mencionado como tomador, mas na fatura, virá normalmente.

"Ah, mas o cliente não quer assim", infelizmente, não parte de nós, é uma requisição que parte direto da SEFAZ para que seja feito desta forma. Se não aceita nenhuma das soluções, não é possível realizar a emissão.