Quando a NF-e (Nota Fiscal Eletrônica) inserida no CTe foi Cancelada pelo emissor.

Exemplo hipotético:
Foi emitida a NF-e, contudo ela foi cancelada. Ao tentar emitir o CT-e com essa nota a SEFAZ irá apresentar a mensagem Rejeição: NF-e não pode estar cancelada ou denegada.

Neste caso, o que se deve-se fazer é entrar em contato com o emissor da NFe solicitando uma nova nota e depois alterar os dados CT-e.
Feita a correção, basta reenviar o CT-e.