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Quando uma NF-e for emitida com um CNPJ-Base (CNPJ do emitente) diferente do CNPJ-Base do Certificado Digital, será retornado a rejeição "213 - CNPJ-Base do Autor difere do CNPJ-Base do Certificado Digital".

Há duas situações em que pode ocorrer essa situação:

1 - Quando o CNPJ-Base do emitente for informado errado;

2 - Quando a NF-e for assinada com um Certificado Digital errado.

Veja regra de validação da Sefaz:

Como Resolver

Deve-se verificar se o CNPJ-Base do emitente foi informado corretamente na NF-e. Caso esteja correto o CNPJ-Base do emitente, é preciso confirmar se o Certificado Digital usado para assinar a NF-e é realmente o certificado emitido para o CNPJ-Base do emitente.